Если коротко, то нет.
Договор перевозки заключается между грузоотправителем и перевозчиком (РЖД) в форме железнодорожной транспортной накладной. В строке 6 накладной отражается срок доставки груза. Если вагоны поданы грузополучателю позже указанного срока, то с перевозчика подлежит взысканию пеня по ст. 97 УЖТ РФ в размере 6% провозной платы за каждые сутки, но не более 50% провозной платы. Необходимо иметь ввиду, что суды, как правило, снижают размер ответственности перевозчика на основании ст.333 ГК РФ ввиду "явной несоразмерности последствиям нарушения обязательства". Иногда размер снижения доходит до 90% от цены иска. Поэтому истцу необходимо активно возражать против доводов ответчика о снижении неустойки.
Истцом по таким делам может быть как грузоотправитель, так и грузополучатель. Причем грузополучатель может вообще не знать о заключенном между грузоотправителем и перевозчиком соглашении, его согласие на увеличение сроков доставки не требуется.
Кроме того, сейчас судебная практика исходит из того, что убытки, причиненные в результате просрочки доставки груза, взысканию не подлежат. Поэтому неустойка - это пока единственный инструмент хоть как-то компенсировать свои потери.
Соглашение об увеличении сроков доставки груза не несет никакой пользы для грузоотправителя и уменьшает совокупный размер неустойки, которую можно взыскать с перевозчика.

Если вы являетесь ответчиком по иску о взыскании платы за занятие инфраструктуры подвижным составом по причинам, зависящим от грузополучателя (ст.39 УЖТ РФ), то у вас могут быть следующие стратегии защиты:

1. Провести анализ занятости путей необщего пользования и посмотреть, позволяла ли вместимость путей необщего пользования поставить дополнительные вагоны, находящиеся в простое. Вместимость тупика обычно указывается в договоре на эксплуатацию путей необщего пользования. Кроме того, у вас должна быть сводная информация по датам подачи и уборки вагонов в спорный период. Если такой информации нет, то картину можно восстановить по памяткам приемосдатчика на подачу и уборку вагонов. Если свободное место было, по представьте подготовленный анализ в суд.
2. Выяснить, а не нарушало ли РЖД в рассматриваемый период предусмотренные договором сроки уборки вагонов (актуально, если уборка вагонов осуществляется перевозчиком). Как правило, данный срок начинает течь с момента подачи уведомления гу2б об окончании грузовой операции. Выводы также можно представить в суд в виде таблицы.
3. Обратить внимание суда, что простой не привел к нарушению сроков доставки груза - необходимому условию для взыскания платы по ст. 39 УЖТ РФ.
4. Проверить, а не истек ли срок исковой давности, который составляет 1 год.

Следует отметить, что судебная практика по данной категории дел весьма неоднородная и ваши казалось бы убедительные доводы могут быть отвергнуты судом. Шансы стремительно уменьшаются, если вы не отклонили и подписали или автосогласовали акт общей формы о простое.

Владелец путей необщего пользования становится заложником подобной ситуации, поскольку вернуть вагоны на станцию он может только с оформленными перевозочными документами, а распоряжаться порожними вагонами у него просто нет полномочий. Я вижу 2 выхода:

1. Предложить собственнику вагонов заключить возмездный договор на отстой вагонов на путях владельца или немедленно освободить пути от порожних вагонов. В случае отказа можно выйти с иском в суд о взыскании неосновательного обогащения и штрафа по ст.63 УЖТ РФ. При этом необходимо обратиться в РЖД за составлением акта общей формы, а в случае отказа в составлении данного акта - составить его самостоятельно, указав, что имеет место простой вагонов на путях необщего пользования владельца в ожидании оформления перевозочных документов.
2. Заключить с РЖД соглашение о реализации пункта 69.2 Правил прием груза к перевозке железнодорожным транспортом (утв. приказом Минтранса России № 374 от 07.12.2016г.) по выводу порожних вагонов на железнодорожный путь общего пользования без оформленных перевозочных документов. В этом случае собственник, не вовремя оформляющий перевозочные документы, будет платить РЖД.